一、物理方法
　　根據水體及水體中污染物的理化性質，采用機械方法凈化水質，如過濾、沉淀等，這些方法原理簡單，應用普遍，許多養殖戶自覺或無意識中已經使用。
　　1、沉淀　水中懸浮物質過多可使水體混濁度和粘滯性增大，影響水產動物特別是其幼體階段的正常生長發育，故養殖用水必須行沉淀處理。養殖戶應根據自身情況配備沉淀池。
　　2、換水  換水操作簡單、效果較好，在生產實踐中廣泛應用。但采用換水方法調控水質不符合當今節約水資源的要求，并且目前養殖生產中換出的水常常不經處理就直接排放到外界環境中，加劇了環境污染，不予提倡，而且直接加換外界水，必須對外界水質進行分析、了解。
　　3、曝氣  主要為增加水中溶氧量，清除水中有害氣體，以達到改善水質的目的，常用手段是使用增氧機,增氧機能使池塘水體上下水層對流，增加水中溶氧量，使水中有毒氣體氧化或溢出，打破水體分層，起到改善水質的作用,建議晴天中午開機1-2小時。
　　4、吸附  使用多孔固相物質（如活性炭、硅膠、沸石等）作為吸附劑來達到凈水目的。
　　5、過濾  物理過濾法主要用以清除水中懸浮物及大型水生生物等。生產上往往利用篩網對水進行過濾，網目大小根據需要而定，還有砂濾、膜過濾，纖維過濾等等。
　　6、泡沫分離  向水中通氣，水中的表面活性物質被微小的氣泡吸附，浮于水面形成泡沫，通過收集并清除泡沫達到水質凈化的目的。
　　7、紫外線照射  利用紫外線（波長200~400nm）對養殖用水進行消毒，殺滅水中臻病微生物。
　　8、磁分離法  利用電磁原理對水體中的重金屬離子等污染物進行電磁分離，是較新穎的水處理方法，目前尚未普及應用。

一體化污水處理設備圖（1）

　　二、化學方法
　　利用化學反應來處理水中污染物或懸浮膠粒。

　　1、凝絮  使用一些化學試劑，使水中微小顆粒及膠體凝聚成較大絮凝體，加速沉淀，凈化水質。通常凝絮劑對海水的處理效果較差。常用凝絮劑有以下幾種。
　　（1）鋁鹽  常用種類有硫酸鋁、堿式氯化鋁等。
　　（2）明礬  明礬中的鋁離子具有很強的凝結能力，對于降低水的混濁度，在水產養殖特別是池塘養殖用水的凈化處理中應用普遍。
　　（3）鐵鹽  常用種類有氯化鐵和硫酸鐵，但它們不如鋁鹽類凝絮劑應用廣泛。
　　（4）農用石膏  主要成分為硫酸鈣，可增加鈣硬度，致使產生碳酸鈣沉淀，對降低混濁度有一定效果。
　　（5）有機高分子凝絮劑  這類凝絮劑國外使用得較多，主要為縮合烯酰胺類有機化合物。
　　2、中和  改變水體過高或過低的pH值。常用生石灰等調節水體的pH值，使水呈中性或弱堿性，還能增加水中的鈣含量，改良底質，殺滅病原體。新砌水泥池往往水中pH值過高，不利于水產動物生長，常用草酸、醋酸等弱酸中和處理。
　　3、EDTA-Na2，可清除水體中含量過高的重金屬離子。對于一些對重金屬敏感的魚、蝦、貝等，其苗種培育用水必須經EDTA-Na2預處理后方可使用。

一體化污水處理設備圖（2）

　　4、化學消毒  應用化學消毒劑與水中有毒物質發生氧化還原反應，降低或消除其毒性，殺滅有害微生物。
　　（1）鹵素制劑  主要是含氯類消毒劑，其實質是產生次氯酸和次氯酸根離子，與水中有害物質發生氧化還原反應。常用種類有二氧化氯、漂白粉、二氯異氰尿酸鈉等，還有二溴海因、碘制劑等。
　　（2）臭氧  它能破壞和分解細菌的細胞膜，迅速擴散透入細胞內部，氧化破壞或分解細胞內酶而迅速使病原菌致死。目前也有專門用于水產養殖的便攜式臭氧發生器，較為經濟適用。
　　（3）是一種強氧化劑，在酸性、中性及堿性水環境中均有的氧化性，生產上不僅可用作殺菌消毒劑，也是一種良好的脫色除臭劑，但其質量分數太高也會對水產動物產生毒害作用，因此使用時須控制劑量。
　　（4）過氧化氫  又稱雙氧水，為無色、無臭、透明的液體，其氧化性較強，能夠迅速破壞微生物及原生動物的蛋白質活性而起到滅活作用，已在蝦病防治等方面取得了較好的效果。
　　（5）其他化學消毒劑如季胺鹽等。

　　同化為菌體成分，這種菌膠團稱作活性污泥。
　　5、水生植物  水生植物能夠通過光合作用，有效吸收利用水中的二氧化碳等物質，起到水質凈化的作用。常用的水生植物有藻類、水葫蘆、水花生、鳳眼蓮、大米草等。